윤석열 정부가 문재인 정부의 ‘국민청원’ 게시판 운용을 중단하고 새로운 소통창구 홈페이지를 개설한 가운데, 국회입법조사처도 문 정부의 국민청원게시판의 문제점을 지적, 보완 필요성을 밝혔다. 
국회입법조사처는 “문재인 정부의 국민청원 게시판이 법률적 근거가 없이 운영되다보니 행정부 권한 밖의 청원 요구, 특정 집단이나 인물에 대한 혐오 조장, 여론의 왜곡 가능성 등의 문제가 발생해왔다”고 밝히고 제도개선 필요성을 밝혔다. 
이같은 사실은 구자근의원(경북 구미시갑)이 국회입법조사처에 국민청원 게시판 운영의 문제점과 개선방안에 대해 검토의뢰한 ‘청와대 국민청원 관련 제도 보완책 검토’ 자료를 통해 밝혀졌다.
국회입법조사처는 분석보고서를 통해 “다른 청원의 경우  청원법, 국회법, 지방자치법에 관련 근거 규정을 갖고 있지만, (문재인 정부의) 청와대 국민청원은 법률적 근거가 없고 행정기관의 권한 범위를 넘어서는 내용까지 포괄하고 있다”고 지적했다. 
이에 대해서는 지난 2018년 문 정부 당시 청와대 국민청원 관계자도 청와대 국민청원은 “청원법상 청원이 아니며, 법적 근거를 가지고 운영되는 것이 아니라”는 입장을 밝힌 바 있다. 
이렇다보니 국회입법조사처는 문 정부 당시 “행정부 권한 밖의 청원 요구가 많아 삼권분립에 위배된다”고 지적했다. 뿐만 아니라 “특정 집단이나 인물에 대한 과도한 비난이나 혐오적 표현을 담은 청원이 제기되는 경우가 있다”고 지적했다. 
국회입법조사처는 “그동안 청와대 국민청원 홈페이지에는 허위사실에 기반한 청원, 인종·국적·종교· 나이·지역·장애·성별 등 특성과 관련 있는 개인이나 집단에 대한 차별 및 비하 내용 등 위헌적 요소가 포함된 청원이 제기되었다”고 밝혔다. 
특정 국가대표 선수에 대한 대표 자격 박탈 청원, 일부 연예인들을 사형시켜 달라는 청원, 스페인 축구리그의 한 선수를 형사 처벌해 달라는 청원, 특정 지역을 비하하는 단어만 나열한 청원 등의 부작용을 지적한 것이다. 
특히, 국회입법조사처는 ‘문재인 정부의 국민청원 게시판의 심각한 부작용으로 “열성적인 집단이 청와대 청원을 활용해 여론을 왜곡하는 문제점이 있다’고 밝혔다. 
2018년 1월 등록되었던 ‘초･중･고 학교 페미니즘 교육 의무화’라는 청원은 온라인 커뮤니티를 중심으로 다양한 중복 동의 방법이 공유되면서 20만 명의 동의를 받게 되었다. 일부 언론에서는 소수가 올린 청와대 청원 내용을 활용하여 기사 논조를 정당화하는데 활용하는 사례가 있었다. 
구자근 의원은 “윤석열 정부가 새로운 소통창구를 마련해 100% 실명제로 운영하고 민원과 제안, 청원으로 나누어 각각의 법률적 근거에 따라 처리하기로 하는 등 개선책을 마련한 점은 타당하다”고 밝혔다. 
또 “앞으로 국민제안 홈페이지가 국민의 올바른 목소리를 듣고 소통할 수 있는 역할을 할 수 있도록 운용의 묘가 필요하다”고 지적했다. 
한편, 국회입법조사처는 청와대 소통창구의 실명제와 관련해 “한 조사에 따르면 ‘실명인증제를 도입하는 것이 바람직하다고 생각하는지’를 묻는 질문에 긍정 대답이 75.2%에 달했으며, ‘실명인증절차가 도입된다면 국민청원 참여도에 변화가 있을 것인지’를 묻는 질문에 47.5%가 참여도에 변화가 없거나 오히려 높아질 것이라고 답변하였다”고 밝혔다.